Die KJM sorgt für die Umsetzung des Jugendmedienschutz-Staatsvertrags (JMStV). Sie dient dabei der jeweils zuständigen Landesmedienanstalt als Organ bei der Erfüllung ihrer Aufgaben. Die KJM prüft, ob Verstöße gegen den JMStV vorliegen und entscheidet über die Maßnahmen gegen den Medienanbieter. Vollzogen werden diese Maßnahmen von den Landesmedienanstalten.

Das zwölfköpfige KJM-Plenum besteht aus sechs Mitgliedern der  Landesmedienanstalten, vier von den für den Jugendschutz zuständigen obersten Landesbehörden und zwei von der für den Jugendschutz zuständigen obersten Bundesbehörde benannten Sachverständigen.

Die KJM-Stabsstelle, die beim Vorsitzenden in der Bayerischen Landeszentrale für neue Medien (BLM) eingerichtet wurde, ist zuständig für inhaltliche Fragen, Grundsatzangelegenheiten und die Öffentlichkeitsarbeit der KJM. Die KJM-Geschäftsstelle in Erfurt nimmt organisatorische und koordinierende Aufgaben wahr.

Um gerade im Bereich der Telemedien eine Vernetzung der verschiedenen Aufsichtsinstitutionen zu schaffen, sieht der JMStV eine enge Zusammenarbeit zwischen der KJM, jugendschutz.net und der Bundesprüfstelle für jugendgefährdende Medien (BPjM)vor. Organisatorisch ist jugendschutz.net an die KJM angebunden und unterstützt sie bei Recherchen im Internet. Die BPjM holt vor einer Entscheidung über Indizierungsanträge für Telemedien die Stellungnahme der KJM ein; die KJM kann auch selbst Indizierungsanträge bei der BPjM stellen.

Die Arbeitsgruppen der KJM, zu denen KJM-Mitglieder, Mitarbeiter der Landesmedienanstalten und externe Sachverständige gehören, setzen sich mit spezifischen Fragen zu den gesetzlichen Aufgaben der KJM auseinander. Derzeit existieren neun KJM-Arbeitsgruppen.

Zur Vorbereitung der Entscheidungen der KJM-Prüfausschüsse und der KJM als Plenum werden Prüfgruppen eingesetzt. Sie bereiten die Prüffälle in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht auf und geben Entscheidungsempfehlungen. Besetzt sind sie mit fünf Prüfern aus den Reihen der Landesmedienanstalten, der Obersten Landesjugendbehörden, der Bundesprüfstelle für jugendgefährdende Medien (BPjM), jugendschutz.net sowie der Bundeszentrale für politische Bildung (bpb).